平成7年、南山学園と名古屋聖霊学園は合併し、海上の森のふもとの瀬戸キャンパスに、新たに総合政策学部・数理情報学部（現情報理工学部）、総合政策研究科・数理情報研究科の二学部二大学院を新設した。統合した名古屋聖霊短期大学の敷地を利用し、平成12年に設置。聖霊中学校・高等学校と隣接している。平成27年に理工学部（情報理工学部から名称変更）および理工学研究科、平成29年に総合政策学部および社会科学研究科・総合政策研究科がそれぞれ名古屋キャンパスに移転予定。これにより、名古屋キャンパスに全学部・研究科が移転する。