尾張瀬戸駅地区市街地再開発事業と併せて尾張瀬戸駅の改善事業が行われた。旧運輸省の鉄道駅総合改善事業費補助を活用し、瀬戸市と名古屋鉄道㈱による第三セクター「尾張瀬戸駅整備㈱」（資本金1000万円）を設立し事業を実施した。
平成13年(2001)には、約160m東側に新駅舎が竣工し、4月14日から使用を開始した。同駅舎は再開発ビル横に移転・新築したもので、陶器の町にちなみ登り窯をイメージしたデザインの鉄骨2階建て。駅のプラットホーム、瀬戸川プロムナード線と再開発ビルがフラットでバリアーフリーとなっているほか、環境モデル駅として、太陽光発電システムを実験的に導入したほか、ホームの仕上げに瀬戸産残土（珪砂）を原材料の一部とするブロック、乗車券や定期券をリサイクルしたベンチ、雨水を利用したトイレ洗浄などを導入している。
