東京大学愛知県演習林は、大正11年(1922)に仮事務所を東春日井郡瀬戸町に置いて事務を開始し、大正12年(1923)12月に同郡水野村大字上水野字安戸に庁舎を新築しここに移転した。同年から穴の宮において量水堰堤建設工事を開始し、大正13年(1924)には完成し、大正14年(1925)には気象観測、量水観測を開始した。その後順次、東山、白坂、数成で気象観測、量水観測を開始している。昭和6年(1931)当時の面積は、水野地区477ha、東山地区123ha、白坂地区235ha、犬山地区508ha、合計1,343haであった。
昭和18年(1943)以降、事務所と試験地の一部は瀬戸市東松山町に置かれ、気象観測も行われた（1949年中止）。
昭和38年(1963年)に瀬戸市からの強い要請により水野地区及び東松山の事務所敷地約400haを手放し、代わりに林野庁名古屋営林局管理下の品野国有林392haを取得した。昭和40年(1965)には事務所を瀬戸市五位塚町に、宿泊施設は瀬戸市北白坂町に移転した。
その後、演習林は農学部の附属施設と位置付けられてきが、平成13年(2001)の改組に伴い大学院農学生命科学研究科の附属施設となった。平成16年(2004)には国立大学法人東京大学となり、演習林の土地は法人に継承された。それに伴い土地の所有形態も文部科学省管理国有林から法人の所有する私有林となり、現在に至っている。
生態水文学研究所は、瀬戸市五位塚町に位置する事務所・研究室（1ha）と２研究林１試験地により構成されている。赤津研究林（745ha）内には作業所・宿泊施設・苗畑がある。犬山研究林（443ha）は犬山市東部に位置しており、研究林内には作業所がある。穴の宮試験地（77ha）は瀬戸市の北部に位置する。